Следственным управлением заключено межведомственное соглашение с Министерством образования, науки и по делам молодежи КБР от 07.12.2017 «О сотрудничестве между СУ СК РФ по КБР и Минобром КБР». Предметом соглашения является организация взаимодействия сторон по защите несовершеннолетних, а также несовершеннолетних детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, переданных под различные формы возмездной опеки от преступных посягательств, профилактики преступлений среди данной категории и в отношении них.
Во всех территориальных органах СУ заключены аналогичные соглашения с главами районов.